Emmanuel Bénézit naquit à Jersey, lors de l'exil de ses parents, en raison de la politique de Napoléon III. Son père, Charles Bénézit, opposant politique au régime, se réfugia à Jersey en même temps que son ami intime Victor Hugo d'après le témoignage du peintre Auguste Vacquerie. Emmanuel Bénézit est le père de l'artiste peintre et historien d'art Emmanuel-Charles Bénézit.
Emmanuel Bénézit a publié (3 volumes) le Dictionnaire des peintres, sculpteurs, dessinateurs et graveurs de tous les temps et de tous les pays (1911–1923) connu aujourd'hui sous le nom de Bénézit.
Un de ses collaborateurs fut Edmond-Henri Zeiger-Viallet (1895–1994), relayé par le peintre Jacques Busse.
En 2008, Jean-Pierre Bénézit a reçu le prix de la Confédération internationale des négociants en œuvres d’art (CINOA) pour la contribution de sa famille au dictionnaire qui porte son nom depuis 1911.